תופאות לוואי מצריכת פרוביוטיקה שנצפו עד היום הן בטן רכה (שלשולים וגזים), אנשים בעלי מערכת חיסון חלשה בתחילת השימוש יכולים לחוש בחולשה ותחושת חולי הנובעת מהפעלת המערכת החיסונית על ידי החיידקים הפרוביוטים. הצרכנים שבדרך כלל חשים בתופאות לוואי אילו הן לרוב אנשים שהפלורה הטבעית שלהם אינה מאוזנת והם כבר סובלים מבעיית עיכול או חולשה כל שהיא.
תופאות לוואי אילו חולפות בשבוע- שבועיים הראשונים. ניתן להימנע מתופעות אילו על ידי צריכה הדרגתית של מינון הפרוביוטיקה. | 
