א. כאשר איזון החיידקים בגוף מופר, צריכת פרוביוטיקה מתגברת את כמות החיידקים הפרוביוטים (הטובים) לעומת הפתוגנים (המזיקים). הפרוביוטים נלחמים על המקום ועל המזון ולכן מקטינים את כמות החיידקים הפתוגנים.
ב. חיידקים פרוביוטים במעי מסייעים בתהליכי פירוק המזון, בספיגה חוזרת של מיצי המרה המופרשים במעי הדק, וביצירת הויטמינים B ו- K. חיידקי אילו שבמעי מסוגלים לפרק חומרים בעלי פוטנציאל ממאיר .
ג. התקשרות בין מרכיבי החיידקים הפרוביוטיים לבין הקולטנים בתאי הרירית שבמעי, גורמת לפעילות ביולוגית בתוך תאי המעי. צוות מחקר מבית החולים שערי צדק בירושלים, בראשות פרופ' דניאל רחמילביץ ופרופ' אייל רז מאוניברסיטת קליפורניה בסן דייגו, מצא שרצף קטן מאוד של הד-נ-א של החיידקים הפרוביוטיים, שנקרא CpG, מתקשר לקולטן בתאי רירית המעי. ההתקשרות גורמת לירידה ניכרת ביצירת חומרים מגבירי דלקת, להפעלת חומרים נוגדי דלקת ולהפעלת מערכת החיסון. מאחר ומדובר בד-נ-א השפעה זו של הפרוביוטים תקפה גם כאשר הם חיים וגם כאשר הם מתים.
לסיכום: גם לאחר שהפרוביוטים מסיימים את מלכתם ב"לחימה" בפתוגנים ובעזרה בעיכול, גם במותם ממלאים תפקיד חשוב.