תופעות לוואי בעת צריכת פרוביוטיקה איכותית (כזו שעובדת) בצריכות הראשונות, מוכרות בספרות ואף יכולות לעזור באיבחון קטן של גופינו.

בקרב הסובלים מחוסר איזון של הפלורה הטיבעית (הסובלים מקנדידה ו/או מאליקובקטור פילורי) תתכן הופעת כאבי בטן הנובעים מגזים, ואי סדירות ביציאות.
הרוב מדווחים על צואה רכה אך כ- 20% מדווחים על עצירויות.
תופעה הנובעת מאינטרקציות בין המיקרואורגנזמים השונים שמפרישים כל מני חומרים לתקוף אחד את השני ו/או מעיכול של מזון שכנראה נמצא הרבה זמן במעי.

בקרב אנשים בעלי מערכת חיסון מוחלשת, קליטת כמות גדולה של חיידקים עלולה לגרום להפעלת מערכת החיסונים בצורה פתאומית, חיידקים שמערכת החיסון אינה מכירה ומזהה אותם.
לכן התופעה הראשונית היא תגובה חיסונית שמתבטאת בתחושת חולי ועייפות ותחלוף תוך שבועיים.
לאחר מכן החיידקים הפרוביוטים יגרמו לוויסות מערכת החיסון כפי שעוזרים לחולי מחלות אוטו-אימוניות.

תופעות לוואי אלו ניתן למנוע ע"י תחילת צריכה של מינונים קטנים ומבוקרים (5 מ"ל ויטה ביוסה בפעם הראשונה) והעלאת המינון בהדרגתיות לפי איך שהגוף מרגיש עד הגעה למינון הדרוש.
אם נתקלתם באחת מהתחושות שתוארו, אז הקשיבו לגופכם, אל תעלו מינון עד שהתופעה חולפת, ומזכירות שחשוב לפצל את הצריכה למינימום פעמיים ביום ליעילות מירבית.